Настоятелями в Варницком монастыре до 1764 года были игумены, а с 1764 года - строители. О первых игуменах Варницкой обители сведения не сохранились.

• Иосиф, его имя встречается под датой 1 октября 1482 года.
• Авраамий, 1614 год.
• Нифонт, в январе 1624 года.
• Иона, 1647.
• Тимофей, 1654.
• Иона, сент. 1657 года, в октябре-декабре 1662 года.
• Варлаам, 1708,
• Иоаникий, 1722 и 1738,
• Иринарх, 1744.
• Исаия, 1746-1749.
• Мисаил, 1757.
• Адриан, 1759-1764.
• Игнатий, 1764-1765.
• С 1764 года монастырем управляли строители:
• Ианнуарий, 1765-1779.
• Феофил, 1771-1773.
• Иларион, 1773-1777; из экономов Ростовского Архиерейского дома.
• Мелхиседек (Митрополитский), 1777-1778; из казначеев Архиерейского дома.
• Варлаам, с 28 мая по 20 ноября 1778 года.
• Порфирий, 1778-1783; из экономов Архиерейского дома. Из Варницкого монастыря переведен в игумены Угличского Покровского монастыря, в 1785 году переведен в Ярославский Толгский монастырь, где в 1793 году возведен в сан архимандрита (первого в этой обители).
• Анатолий, 1783-1786.
• Павел (Пречистенский), 1786; переведен в Ростовский Петровский монастырь, затем в Переславский Даниловский монастырь архимандритом.
• Димитрий, 1786-1798.
• Дорофей, 1798-1809; переведен в Ростовский Белогостицкий монастырь.
• Исаакий (Кожухов), 1809; из Ростовского Белогостицкого монастыря, происходит из семьи ярославского купечества.
• Дионисий (Поройков), 1810; из Ярославского Архиерейского дома, где был крестовым иеромонахом, переведен в Белогостицкий монастырь.
• Дорофей (вторично), в 1810 году по его прошению переведен из Белогостицкого монастыря. В октябре 1816 года переведен в Ростовский Петровский монастырь. При нем в 1798 году был капитально обновлен Никольский храм; в 1799-1808 годах построены настоятельские келии.
• Ираклий, 1816-1817; из крестовых иеромонахов Ярославского Архиерейского дома, переведен в Белогостицкий монастырь.
• Игнатий, 1817-1818; из казначеев Толгского монастыря, переведен в Пошехонскую Исаакиеву пустынь.
• Павел, с 1818 по 1819 год и с 1823 по 1831 год был казначеем и ризничим Ярославского Архиерейского дома, до того был казначеем Борисоглебского монастыря. За пожар в Варницкой обители в 1824 году, когда погорела теплая Никольская церковь, был лишен должностей, но ввиду его особого усердия по устройству нового теплого храма Введения Пресвятой Богородицы в 1829 году был награжден правом ношения в священнослужении настоятельского посоха, а в 1830 году возведен в сан игумена. В 1828 году отец Павел назначен был благочинным ростовских монастырей, в 1831 году переведен игуменом в Ростовский Петровский монастырь.
• Киприан, 1831, из ризничих Ярославского Архиерейского дома; в марте 1833 года переведен в Ярославский Афанасьевский монастырь.
• Вениамин, 1833 - март 1835, в 1834 году им написана плащаница, богато украшенная купцом М. М. Плешановым.
• Мелхиседек, с 28 марта 1835 года по 26 марта 1846 года. Прибыл в монастырь из казначеев Ярославского Архиерейского дома. Скончался 73 лет, 26 марта 1846 года, погребен в монастыре.
• Киприан (вторично) со 2 декабря 1847 по 14 февраля 1851 года. Переведен из Петровского монастыря, до того был игуменом в Афанасьевском и Спасо-Геннадьевском монастырях. Киприан пользовался особым уважением ростовских граждан и иногородних богомольцев, почитавших его за строгое исполнение своих обязанностей и за благочестивую жизнь.
• Димитриан, был строителем в 1851-1853 годах; из казначеев Богоявленского монастыря, из Варниц переведен в Петровский монастырь.
• Иосиф, с конца 1853-го по 1858 год; из Ярославского Архиерейского дома.
• Владимир, с 1858 года, скончался 3 ноября 1861 года.
• Исаакий, с 3 декабря 1861 года по 1865 год; переведен в Петровский монастырь.
• Панкратий, с 1865 года; из Ярославского Архиерейского дома; согласно его прошению уволен от настоятельства 28 февраля 1866 года.
• Паросний, со 2 марта 1866 года; из Ярославского Афанасьевского монастыря, 10 ноября скоропостижно скончался.
• Иаков, с 20 ноября 1866 года по 1882 год; из братства Ярославского Архиерейского дома, за доброе управление обителью возведен в сан игумена 30 августа 1870 года. Переведен в Исааковскую пустынь.
• Феофил, с 6 июля 1882 года по 1891 год; из казначеев Ярославского Архиерейского дома.
• Митрофан, иеромонах, в 1891 году переведен из казначеев Богоявленского монастыря.
• Антоний, иеромонах, с 7 сентября 1894 года назначен строителем из Московского Донского ставропигиального монастыря. В 1896 году Антоний возведен в сан игумена. 30 марта 1903 года переведен в Пошехонский Адрианов монастырь.
• Филарет, иеромонах, с апреля 1903 года; назначен из экономов Ярославского Архиерейского дома.
• Александр, с мая 1903 года по 1905 год; из казначеев Варницкого монастыря.
• Леонид, 1905-1906; из экономов Архиерейского дома. Переведен в настоятели Пошехонского Адрианова монастыря.
• Димитрий, с 4 февраля 1906 года по 1912 год; из казначеев Спасо-Яковлевского Димитриева монастыря, 18 мая 1909 года иеромонах Димитрий возведен в сан игумена.
• Амвросий, архимандрит; назначен настоятелем с 17 апреля 1912 определением Святейшего Синода, был библиотекарем Александро-Невской лавры. В 1913 году переведен в Угличский Николо-Улеймский монастырь.
• Корнилий, архимандрит, кандидат богословия Казанской Духовной академии, с 30 мая 1913 года по 1915 год.
• Георгий, иеромонах, с 1 июня 1915 года; из казначеев Варницкого монастыря. 20 марта 1923 года иеромонах Георгий возведен в Яковлевском монастыре во игумена, затем - во архимандрита. 26 февраля решением судьи советской власти архимандрит Георгий выселен из келии из бывшего Троице-Варницкого монастыря.
• Борис, игумен, настоятель с марта 1995 года; из братии Троице-Сергиевой Лавры. Переведен в Ивановскую епархию.
• Захария, игумен, настоятель с 1997 по 1998 год; из братии Троице-Сергиевой Лавры, возвращен обратно.
• Силуан, архимандрит, настоятелем обители назначен в 1998 году; из братии Троице-Сергиевой Лавры. Иеромонах Силуан (в миру Глазкин Александр Евгеньевич) родился в 1969 году в Москве, в семье служащих. В 1977 году семья переехала жить в Сергиев Посад (в то время Загорск), где Александр окончил среднюю школу и музыкальную. В 1987 году по благословению духовного наставника поступил в Московскую Духовную семинарию. После первого курса был призван в армию, служил в Ашхабаде. Вернувшись из армии, продолжил обучение в семинарии, а потом поступил в Духовную академию, которую окончил в 1996 году со степенью кандидата богословия. На четвертом курсе Академии был принят послушником в число братии Троице-Сергиевой Лавры. Великим постом 1997 года наместником Троице-Сергиевой Лавры архимандритом Феогностом в Троицком соборе, у мощей Преподобного Сергия Радонежского, был пострижен в монашество с именем Силуан - в честь апостола от 70-ти (память Апостола Силуана 30 июля/12 августа). 5 января 1998 года рукоположен в сан иеродиакона. 8 октября того же года, на день памяти Преподобного Сергия Радонежского, был рукоположен в сан иеромонаха, а 20 октября Указом Святейшего Патриарха Алексия II назначен настоятелем Варницкой обители.